Les maladies peuvent se propager d’une espèce à une autre relativement facilement dans le contexte de la pisciculture en circuit ouvert (PCO).
Parmi les nombreuses espèces de poissons, de crustacés et d’algues qui font l’objet d’aquaculture à des fins de consommation, les saumons de l’Atlantique sont l’espèce la plus courante. Lorsqu’ils sont élevés au sein d’enclos ou de cages ouverts sur l’environnement naturel, de nombreux problèmes peuvent survenir, notamment par la propagation de maladies et de parasites.
Les poissons d’élevage sont une source de maladies pour les populations sauvages, qu’ils s’échappent ou non de leurs enclos, parce qu’ils sont détenus artificiellement à forte densité. La transmission d’agents pathogènes à travers les enclos ouverts est de plus extrêmement facile. Parmi les maladies découvertes dans les exploitations de pisciculture en circuit ouvert figurent la maladie bactérienne du rein (MBR) ou rénibactériose, la nécrose hématopoïétique infectieuse (NHI), l’anémie infectieuse du saumon (AIS) et la septicémie hémorragique virale (SHV).
Les saumons d’élevage peuvent également transmettre des poux de mer aux populations de saumons sauvages. Les poux de mer sont des copépodes parasites qui se nourrissent de la peau, des muqueuses et du sang des poissons, et qui peuvent entraîner une morbidité, voire la mortalité de certaines populations de saumons.